L'apparition et le développement de la différenciation sociale et de la hiérarchisation font encore l'objet de nombreuses conjectures. Aucun consensus clair ne se dégage dans la communauté scientifique. Certains suggèrent que l'apparition du stockage des aliments et la constitution de réserves ont eu pour effet indirect un début de hiérarchisation de la société, avec la mise en place progressive d'une classe de guerriers pour protéger les champs et les réserves de la convoitise des groupes voisins. Le niveau supérieur de l'hypogée de Roaix (Vaucluse), daté de 2 090 ± 140 av. J.-C., a livré les squelettes imbriqués d'une quarantaine d'individus, hommes, femmes ou nouveau-nés, dont certains présentaient des pointes de flèches fichées dans les os du bassin ou au milieu du thorax : il s'agirait de l'une des plus anciennes preuves d'inhumation collective à la suite d'un massacre et de l'un des premiers témoignages de guerre. Courtin lui-même précise, dans son interview, que "...cette version est maintenant contestée par une thèse récente (ce serait une couche de mortalité normale d'un village)...". Il faut parler, de toute façon, de combats sporadiques, s'ils ont eu vraiment lieu. Les connaissances des préhistoriens ne permettent pas aujourd'hui de parler de "guerre" au Néolithique. Inférer sur des causes de massacres tout à fait putatifs ne peut conduire à considérer que les hommes du Néolithique étaient guerriers et encore moins qu'ils nous auraient légués une sorte de violence génétique. Il semble que les conditions sociales, la culture et l'apprentissage aient, par contre, joué un rôle déterminant dans les évolutions de la période. L'absence ou la réalité de conflits éventuels entre groupes humains semblent, durant cette période comme aujourd'hui, indissociables de ces trois éléments.
LES VILLES
Comme évoqué précédemment, dans certaines régions la sédentarisation a précédé la découverte de l'agriculture, lorsque l'environnement apportait une subsistance suffisante tout au long des saisons. Par ailleurs, celle-ci n'entraîne pas toujours la sédentarisation complète, certains groupes de pasteurs étant également nomades. Il existe également, en Inde et en Amazonie, des exemples de groupes d'agriculteurs nomades qui ne restent sur un territoire donné que le temps d'une récolte.
Mais l'agriculture impose généralement de se fixer de quelques mois, le temps de faire les récoltes, à quelques années, le temps que la terre s'épuise. Des constructions durables apparaissent, en torchis et en pierre, remplaçant les huttes de peaux des chasseurs-cueilleurs. Quand ces constructions se regroupent, naît alors le village. L'une des plus anciennes agglomérations est celle de Jéricho : les premières constructions de pierre y sont datées d'environ 9 000 ans av. J.-C. Elles sont légèrement antérieures à celles de Jarmo et de Choirokoitia, à Chypre. L'agglomération de Çatal Hüyük, en Turquie, est l'exemple le plus éclatant d'une sédentarisation aboutie : extension sur 12 hectares, maisons à un étage en briques crues, toits en terrasses, peintures murales, il y a environ 8 500 ans. Dans la mesure où elle ne présente pas de véritable plan urbanistique, il convient toutefois de la considérer comme un grand village plutôt que comme une ville ou une proto-ville.
La fin du Néolithique en Europe est également connue pour ses « cités lacustres », qui ont déchaîné l'imagination des préhistoriens du début du xxe siècle. Il apparaît que si certaines habitations étaient parfois édifiées sur pilotis, le plus souvent elles étaient construites en bordure de lacs et n'ont été submergées que bien plus tard. Ces sites sont caractérisés par une conservation exceptionnelle des matériaux organiques. L'un des plus célèbres est celui situé au bord du lac de Chalain dans le Jura.
-10 000 : 1ers villages
-8 000 : apparition de l’agriculture
L'agglomération de Çatal Höyük est une ville datant de l'âge du néolithique, soit l'une des plus anciennes au monde. Située dans l'actuelle Turquie, en Anatolie centrale, dans la plaine de Konya, sur les bords de la rivière Çarşamba, c'est l'un des plus grands sites du Néolithique du Proche-Orient. Fondé vers 7000 avant J.-C., il devient un centre important seulement entre -6500 et -5700. La ville est dotée d'une organisation et une culture élaborées.
À son apogée, l'agglomération couvre au moins 13 hectares. Prospère, elle compte un millier de familles, soit une population d'à peu près 5 000 personnes -ce qui est considérable à l'époque-, entretenant un commerce de longues distances et un artisanat de qualité. Elle recèle des sanctuaires avec des peintures murales, des figurines et des sépultures, témoignant d'une vie religieuse complexe.
-5 500 : apparition du commerce
-4 500/-2 000 : mégalithisme (dolmens et menhirs)
